実際の現地と法務局の登記状況を分けて考える必要があります。
法務局の登記は基本的には、当事者が自分で申請しなければ自動的に変更されることはありません。
※職権での登記もありますが、例外的な場面です。
そのため、建て替えのために、建物を取り壊して、同じ場所に別の建物を建てた場合、取り壊した建物について滅失登記をせずに、新築建物のみを表題登記した場合には、法務局の登記の状況としては、一つの土地の上に2つの建物が建っていることになります。
登記の手順としては
@取壊しによる建物滅失登記
A新築による建物表題登記
の2つの登記が必要となります。
関連サイト